مهاجران چینی که همزمان با مذهب بودیسم وارد ژاپن شده بودند را میتوان اجداد اولیه نینجاها دانست با ورود مذهب بودیسم بین عده ای از مذهبیون به شینتواسیم (مذهب رسمی ژاپن فودال)  وطرفداران بودیسم جدال و در گیری به وجود آمد.                                                            در اوایل قرن هفتم طرفداران بودیسمکه درمقابل شکنجه وکشته شدنشان توسط مذهبیون ونیروهای سلطنتی راهی بجز فرار نمی دیدن به کوهستانهای نزدیک توکیو مهاجرت کردند.          بعد ها توسط مردم به یامابوشی (زاهدان کوهستان) مشهور شدند. یامابوشی هابرای محافظت خود در برابر شرایظ سخت آن دوران (حمله ی حیوانات وحشی در منطقه کوهستان تعقیب و دستگیری و قتل یامابوشی ها توسط نیرو های سلطنتی و...) دانش خود را بر پایه واقع بینی قرار داده و فلسفه عارفانه خود را با ترکیب دانش وتمرینات رزمی استراژدی نظامی و قدرت های اسرار آمیز پی ریزی کردند تا بتوانند با نیروی نظامی کم خود در دل دشمنان رعب و وحشت ایجاد کنند .

این فلسفه را می توان نسخه ی اولیه مکتب نینجوتسو(هنر حرکت پنهانی) دانست.