درباره مبدا پیدایش آنچه ما امروزه به عنوان هنرنین جوتسو می شناسیم . آرای متفاوتی

    وجود دارد . مورخین ژاپنی , روایت متفاوتی بیان کرده اند .

    به همین دلیل تعیین تاریخ مشخصی برای شروع این , کار بسیار مشکلی است .

    اما آنچه که مسلم است , این است که علی رغم اختلافاتی که دراین روایت وجود دارد , 

    نین جوتسو از همان ابتدا به عنوان یک هنر رزمی کاملا تعریف شده پا به میدان نگذاشت و

    قرنها گذشت تا به عنوان یک سبک وروش مدون – آنگونه که شایسته آن بود – تثبیت گردید .

    افرادی که بعدها نینجا نامیده شدند , در ابتدا خود را با این نام نمی شناختند . آنها خودرا

    پیروان یک خط فکری سیاسی , نظامی ومذهبی می دانستندکه درتضاد با تفکر و آرای

    حاکم برآن زمان بود . درواقع نین جوتسو به عنوان یک فرهنگ و تفکر کاملا  مخفیانه و

    غیرقانونی , در تقابل با تفکر و فرهنگ سامورایی مطرح گردید و گسترش یافت.

    همین یک دلیل - قرن ها پنهان کاری - کافی بود تا سوابق تاریخی این هنر , درهاله ای

    از رمز و راز فرو رود و تاریخچه آن - به عمد - مخدوش گردد.

    درافسانه های مربوط به تاسیس سلسله امپراتوری ژاپن , که نسل ها سینه به سینه

    گشت , از دو شخصیت شبه نینجا نام برده شده که افتخار کمک به نخستین امپراتور ,

    دردستیابی به یک پیروزی مهم  و سرنوشت ساز , نصیبشان گشت .