نینجوتسو این هنر افسون کننده ی ژاپنی کهن که هنوز مجهولات فراوانی دارد را در خود نگاه داشته است در لغت به معنی هنر حرکت پنهانی است .

نینجوتسوشیوه ای است به وجود آمده ‌برای دفاع خویشتن و رسیدن به مهارت های ویژه رزمی برای غلبه بر دشمن .

دانشجویان وشاغلین این هنر رزمی را نینجا مینامند. به طور خلاصه میتوان درمورد تاریخچه این سبک رزمی گفت که طبق شواهد موجود در قرن ششم میلادی مذهب «بودیسم» وارد کشور ژاپن شد وباعث به وجود آمدن چالش بین دو مذهب بودیسم و«شینتوئیسم» شد که مذهب ملی ان دوران بود طرفداران بودیسم به روایتی همان پیشینیان نینجا بودند ودر اوایل قرن هفتم برای فرار وآزار و شکنجه مذهبیون به کوههای سوزوکا رفتند وبعد ها یامابوشی یا زاهدان کوهستان لقب گرفتند. آنها نها با محیط سازگاری کردند ومجبور شدند برای زنده ماندن ودفاع از خویشتن سر سختانه مبارزه کنند.

گفته شده است که مبدا نینجا ها از دو سرزمین ایگا وکوگا بوده کوگا در مکان کنونی شهر کوگا در حوزه شیگا واقع شده بود وایگا هم در مکان کنونی شهر آیاما در منطقه مایه قرار داشت.

از اطلاعات مستند بدست آمده این گونه پیداست که در بین سالهای ۱۱۹۲تا ۱۳۳۳ بعد از میلاد تعداد مکتب های نینجا به ۲۵ رسیده بود که هریک در مورد سیاست واستفاده از فنون اختلاف نظر داشته اند در آن زمان فنون از پدر به پسران ودختران انتقال میافت.

معروف ترین خانواده های نینجا هاتوری،موموچی و فوجی بایاشی بودند . هاتوری هانزو کسی است که هنوز در توکیو (پایتخت) ژاپن از او به بزرگی یاد می شود.

به روایت تاریخ نویسان کامکاورا به عنوان یک دوره طلائی برلی نینجوتسو شناخته شده است چرا که پیروزی در بیشتر جنگها ونفوذ در دولت آن زمان امتیازات فراوانی را برای آنان به وجود آورده بود در طول این مدت حدود۵۰ مدرسه مختلف نینجا در پناهگاهایشان در ایگا وکوگا به وجود آمده بود.

یکی از خانواده های نینجا در پرتاب شورایکن«ستاره» مهارت داشتند فیدو نام داشت کخ مسول توسعه شیوه های متعدد و موثر کاربرد این سلاح مخرب و رزمی بود.

برجسته ترین فنون یک نینجوتسو کار هنر مخفی شدن ونفوذ به جاها و مکانهای غیر قابل نفوذ بوده.نینجاها عمومآ بسیار صبور و پر طاقت بودند چرا که گاهی اوقات ساعتها و روزها در زیر یک پل ویا سقف پنهان می شدند تا زمان مناسب برای اجرای عملیات فرا برسد،در ادامه باید افزود که فشارهای امپراطور وحاکم وقت روی یامابوشی ها یا همان نینجا های قدیم قبل از دوران کاماکورا (۱۱۹۲تا ۱۳۳۳) باعث شد که آنها از شیوه های ویژه پارتیزانی وایجاد رعب و وحشت در مقابللشکر کشی درباریان مقاومت کرده وآنها را وادار به عقب نشینی کنند.

یکی از دشمنان قسم خورده نینجاها داتویوتاگا بود که هدفش شوگان شدن بود در سال ۱۵۷۹یک ارتش عظیم از سامورائی ها به رهبری پسرش کانسویوری برای حمله به نینجاها ایگا روانه کرد توانایی های زیاد وخارق العاده نینجاها باعث شد تاتهاجم  سامورائی ها به طور کامل دفع شود.

اما دو سال بعد اداتویوتا ارتش نیرومندی به رهبری خودش آماده کرد تا به تلافی دفعه قبل نینجاها را از بین ببرد. افراد ناگا ده برابر نینجاها بود ودر این نبرد ژنرال ادانوبوناگا پیروز شد وتمامی خاندان نینجا ایگا را قتل عام کرد.نینجاهای باقی مانده از این کشتار گریختند به کوهستان بزگشتند آنها برای تشکیل یک گروه منسجم دوباره دوباره تلاش کردند از طرف دیگر اداتویوتاگا زیاد عمر نکرد ودر سرزمین هوینجی به قتل رسید. جانشین او ایاسوتوکوگاوا که برای حکمرانی در سراسر ژاپن از سرزمین نینجاها عبور میکرد او میدانست سفر کردن از میان سرزمین هوینجی یسیار خطر ناک است ولی به ناچار تسمیم گرفت خطرات را بپذیرد واین سفر را آغاز کند به همین خاطر ایاسو از هاتوری هانزو یکی از رهبران نینجا در خواست کرد که عبور بی خطر او از راه پر خطر کوهستانی ایگا وسرزمین هوینجی که منطقهمرکزی نینجا ها بود به طرف قلعه اوگازاتی را تضمین کند.  نینجا ها این در خواست را فرصتی مناسب و راهی مطمئن برای برفراری محکم با قدرت حاکم پنداشتند بنابراین ایاسوتوکوگاوا توانست باکمک نینجاها بی خطر سفر کند ودر سال ۱۶۳۰ شوگان تمامی ژاپن شد